《Gaussian培训》PPT课件.ppt
Gaussian 培训G03W的一些设置GAUSSIAN03的批处理Default.Rou设置 在Scratch文件夹中的Default.Rou文件中设置G03程序运行的省缺参数： -M- 200MW -P- 4 -#- MaxDisk=10GB -#- SCF=Conventional or Direct -#- MP2=NoDirect or Direct -#- OPTCYC=200 -#- SCFCYC=200 -#- IOPs 设置 如iop（2/16=1）Default.Rou设置中的冲突 Default route: MaxDisk=2GB SCF=Direct MP2=Direct OPTCYC=200 SCFcyc=100 iop(2/16=1) iop(5/13=1) - # ccsd/6-31G* opt - L903/L905 and L906 can only do MP2.问题在于，P2=Direct！ 去掉这个设置，CCSD的作业就能进行了。因此，建议在Default设置中只设置，内存，最大硬盘，等项。势能面上的局域极小点限制性空间轨道和非限制性空间轨道闭壳层缺省为限制性空间轨道计算；开壳层缺省为非限制性空间轨道计算闭壳层缺省为限制性空间轨道计算；开壳层缺省为非限制性空间轨道计算应该用开窍层计算的体系 具有奇数个电子的体系（例如，离子或自由基） 激发态 具有特殊电子结构的体系，如外层具有2个或多个为成对电子的体系 具有键的解离，如反应中，需要将一对电子分开的过程的体系，这样的体系限制性计算将导致不正确结果（尽管电子数是偶数） 对于某些体系，需要用额外的关键词Guess=mix或者Guess=alter来强制得到非限制性的波函数。冻结核近似 FC=FREEZEN CORE 相关能计算中不考虑内壳层轨道的贡献 要考虑内壳层轨道的贡献用FULL 指定相关能计算轨道，用RW或Window FC，Full，RW 和Window是互不相容的。MP2（FC）:表示MP2方法下相关能的计算不考虑内壳层轨道的贡献MP2（FULL）:表示MP2方法下相关能的计算考虑所有轨道的贡献MP2（FreezenNobleGasCore）= MP2(FrzNGC)MP2(FreezenInnerNobleGasCore)=MP2(FrzINGC)RW的用法MP2（RW）/6-31* spTitle0 1分子描述m, nMP2/6-31G*水平下CH4结构优化和频率分析Example 1: Job Type: MP2/6-31G* OPT%chk=CH4 ！ Link0 命令命令: chk,rwf,nosave,mem,nproc#P MP2/6-31G* OPT FREQ TEST ！作业命令行！作业命令行 ！ 需要空行需要空行OPT And FREQ on CH4 ！ 标题行标题行 ！需要空行！需要空行0 1 ！电荷和多重度！电荷和多重度C ！用内坐标的分子描述！用内坐标的分子描述H 1 r H 1 r 2 aH 1 r 2 a 3 120.H 1 r 2 a 3 -120.Variables ！ 变量，表示以下给变量赋值；也可以只空一行变量，表示以下给变量赋值；也可以只空一行r 1.09Constants ！常数，表示以下量的值计算中不变；也可以只空一行！常数，表示以下量的值计算中不变；也可以只空一行a 109.47122 ！空行，必须电荷和自旋多重度 电荷是指体系所带的净的电荷，原子单位 自旋多程度是指体系在优外加磁场情况下可能稳定存在的状态数。 它与体系中净的平行自旋电子数有关：平行自旋电子数和自旋多重度关系理论上自旋平方为理论上自旋平方为S2 = S（S+1）：）： 平行自旋电子数平行自旋电子数 0 1 2 3 4 S 0 1/2 1 3/2 2 自旋多重度自旋多重度 1 2 3 4 5 理论理论S2 0.000 0.750 2.000 3.750 6.000输出文件的解释以CH4为例:输入方向输入方向: 以输入的坐标为准以输入的坐标为准, 不做处理不做处理 Input orientation: - Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms) Number Number Type X Y Z - 1 6 0 0.000000 0.000000 0.000000 2 1 0 0.000000 0.000000 1.090183 3 1 0 1.027835 0.000000 -0.363394 4 1 0 -0.513917 -0.890131 -0.363394 5 1 0 -0.513917 0.890131 -0.363394 -标准方向标准方向: 将坐标原点放在分子的电荷中心上将坐标原点放在分子的电荷中心上 Standard orientation: - Center Atomic Atomic Coordinates (Angstroms) Number Number Type X Y Z - 1 6 0 0.000000 0.000000 0.000000 2 1 0 0.629418 0.629418 0.629418 3 1 0 -0.629418 -0.629418 0.629418 4 1 0 -0.629418 0.629418 -0.629418 5 1 0 0.629418 -0.629418 -0.629418 -X，Y和和Z各方向上，各原子各方向上，各原子的的z坐标分量乘以自身核电荷坐标分量乘以自身核电荷后加和，结果为零。后加和，结果为零。标准方向很重要，很多计算标准方向很重要，很多计算的性质是对应于标准方向的，的性质是对应于标准方向的，如如Freq计算中的分子振动方计算中的分子振动方向向 对称性对称性:Stoichiometry CH4 计量化学, 分子式Framework group TDO(C),4C3(H) 所属分子对称群Deg. of freedom 1 自由度数Full point group TD NOp 24 点群Largest Abelian subgroup D2 NOp 4 最大阿贝尔子群（乘法 法可交换群） Largest concise Abelian subgroup D2 NOp 4 基组： Standard basis: 6-311G(d,p) (5D, 7F) There are 12 symmetry adapted basis functions of A symmetry. There are 10 symmetry adapted basis functions of B1 symmetry. There are 10 symmetry adapted basis functions of B2 symmetry. There are 10 symmetry adapted basis functions of B3 symmetry.（以上是各种对称性的基函数的个数） Integral buffers will be 262144 words long. Raffenetti 1 integral format. Two-electron integral symmetry is turned on. 42 basis functions, 64 primitive gaussians, 43 cartesian basis functions（基函数个数（STOs）和Gaussian型函数个数（GTOs） 5 alpha electrons 5 beta electrons （Alpha电子数和Beta电子数） nuclear repulsion energy 13.4331323697 Hartrees. （核推斥能） 初始猜： Initial guess read from the checkpoint file: （这个作业的初始猜是从上个优化步骤地CHk文件读取的；不然的话，缺省用ZNDO作为初始猜） CH4.chk Initial guess orbital symmetries: （初始猜轨道的对称性） Occupied (A1) (A1) (T2) (T2) (T2) Virtual (A1) (T2) (T2) (T2) (T2) (T2) (T2) (A1) (T2) (T2) (T2) (A1) (E) (E) (T2) (T2) (T2) (T1) (T1) (T1) (T2) (T2) (T2) (A1) (E) (E) (T2) (T2) (T2) (T2) (T2) (T2) (A1) (T2) (T2) (T2) (A1) 自洽场： SCF Done: E(RHF) = -40.2089173552 A.U. after 1 cycles 自洽场收敛 Convg = 0.3754D-11 -V/T = 2.0014 自洽场收敛判据值和维里系数 S*2 = 0.0000 自旋平方维里系数应该为2（一般计算的值都会接近这个数）计算的自旋平方值应该很接近理论值，不然自旋污染会比较严重。自旋污染 当两种自旋不同态（A和B）的事能面比较接近的时候，自洽场计算A状态的体系波函数有可能不只含有A态的成分，可能还混有B的成分。如果混入的B的成分过多，计算得A态的性质就会不准确。这种情况称为自旋污染。 一般闭壳层体系的自旋污染较小，开壳层体系可能有较大的自旋污染。当自旋污染严重时，计算的波函数和能量等结果不准确，因此需要消除自选污染。 收敛判据和优化结束 Item Value Threshold Converged? 收敛判据 Maximum Force 0.000018 0.000450 YES 最大力 RMS Force 0.000018 0.000300 YES 根均方力 Maximum Displacement 0.000012 0.001800 YES 最大位移 RMS Displacement 0.000012 0.001200 YES 根均方位移 Predicted change in Energy=-1.103230D-10 预期能量变化，本身不是优化的收敛判据 Optimization completed. - Stationary point found. 说明发现稳定点（极小点或鞍点） - ! Optimized Parameters ! ! (Angstroms and Degrees) ! - - ! Name Value Derivative information (Atomic Units) ! - ! r 1.0902 -DE/DX = 0.0 ! 优化的变量值 -布局数分析（pop）* Population analysis using the SCF density. 计算计算SCF密度的布局数分析密度的布局数分析 * Orbital symmetries: 分子轨道的对称性分子轨道的对称性 Occupied (A1) (A1) (T2) (T2) (T2) 占据的分子轨道的对称性占据的分子轨道的对称性 Virtual (A1) (T2) (T2) (T2) (T2) (T2) (T2) (A1) (T2) (T2) 非占据的分子轨道的对称性非占据的分子轨道的对称性 (T2) (A1) (E) (E) (T2) (T2) (T2) (T1) (T1) (T1) (T2) (T2) (T2) (A1) (E) (E) (T2) (T2) (T2) (T2) (T2) (T2) (A1) (T2) (T2) (T2) (A1) The electronic state is 1-A1. 对称性表示的电子态对称性表示的电子态 Alpha occ. eigenvalues - -11.20795 -0.94256 -0.54456 -0.54
