pymol使用教程.docx

简介/安装PymOl是一个开放源码,由运用者赞助的分子三维结构显示软件，由Warren1.yfordDe1.anO编写，并且由De1.anoScientific1.1.C负责商业发行。Pymol被用来创作高品质的分子（特殊是生物大分子如蛋白质）三维结构。据软件作者宣称，在全部正式发表的科学论文中的景白质结构图像中，方四分之一是运用PymOl来制作的。Pymol名字的来源：“Py”表示该软件基于python这个计算机语言，mMoIw则是英文分子（mohcule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。由于试验须要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程汜录卜来，希望对有须要的挚友有所帮助。今日先来说说安装吧。自2006年8月1日起，De1.anoScientific对事先编译好的PyMo1.执行程序（包括beta版）实行限定下栽的措施。目前，只才付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费卜.栽，供运用者编译。假如你和我一样，不想为此花钱的话：1 .假如你是WindOWS用户，首先下载PymOl的源代码。然后安装CygWin,并且确保正确安装以F模块： C+（gccorg+packagename） PythonOpenG1.PNG然后在源代码书目里面依次运行：2 .假如你是1.inUX用户，首先确保以下东东已安装: Python Pmw OpenG1.driver（我用的是NVdia） Iibpng Subversionclient（卜栽源代码须要）然后吓载PymoI的源代码$mkdirpymol-src$svncopymol-src然后进入源代码书目# cdpymol-src起先依次编译# pythonsetup.pyinstall# pythonsetup2.pyinstall拷贝执行脚本到某个$PATH,安装就搞定了# cp.pymolusrbin假如运行时得到错误信息"ImportError:NomodulenamedPmW"，那么你应当运行# pythonsetup2.pyinstallpmw假如你在运用Gentoo,请确保编译python时添加了tcl/tk支持,否则运行是会提示错误"ImportError:Nomodulenamed_tkinter"# USE="tcltk"emergepython好了，下面我们就可以进入PymOl的世界基本的KI标掾作里主要介绍一下Pymol的基本操作，包括用“菜单、加栽文件、图像的基本鼠标操作等等。当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示的界面:该界面分为2窗口，上面的外部GUI窗口(ExternalGUI)和F面的ViCWCrWindOWoViCWerWindOW又分为左右两块，左边用来显示结构图像的(VieWer),右边则是一个内部GUl窗口(InternalGUI)oViewer自身包含一个吩咐行(如图中左下方的PyMo1.提示符)，可以用来输入Pymol吩咐；在InernalGUI中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作。ExternalGUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个吩咐行输入区以和右边的一些常用吩咐按钮。请留意，标准的“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExtenalGUI中完成，并且必需运用“Ctrl+C、Ctrl+X以和Ctrl+V”来完成，这也是这个所谓的外部GUl的最重要的优点。加载文件，有二种方法：1 .在ExternalGUI中选择File-Open2 .运用吩咐行：load<>例如我们现在从上下载了一个离子通道蛋白的Pdb文件（PENTAMERIC1.IGANDGATEDIONCHANNE1.FROMERWINIAChrysanthemi),名字为2vio.pdb,然后用PymOI打开它:load2vl0该蛋白质的结构就被显示出来啦，如下图:PyMO1.ViewerPW1.>loi*eiwelDesktf3Z2V1.0.pdb.ButtonViOMlnCShSeleIvwlClk*C*>1CIkHcojSlabMSHvSZMovZButtons1.&KeM5Rot«ShftBo×SelectinfPeelduesS3te(1/13OZsecMoveMovZ-BomClipPkAtPklOrieClipCentMenu-PkAtAlXQ最终一项“移动剪切乎而”有点不简洁理解，须要多试几次.协作下面的示意图你会发觉Pymol的这项设定其实很便利。MovefrontclippingplaneinwardMovebackclippingplaneoutwardExpandwedgeMovewedgeinwardRightClickMovebackclippingplaneinwardMovewedgeShrinkoutward，wedgeMovefrontclippingolaneoutward今日没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用面这个图作为结束,其实就是用cartoon的形式显示了匕面的那个蛋白质，不过还比较难看OOOPyMOlViewerMcuwH>d3-tto11¼2rButton*1.NPU*lfcKauaRotaHoveMovZSlabShi.»Be»BoxClipMovS-I-PfcAt夕卜1Mv$2讣SeUOrI*Clip11ovi:,”-CmEMenuICUMez-PKAtSelectingReng2StateC1/11XVcByweiIuPyMO1.用法（教程二）aPymo吩喈这里主要介绍一下Pymol的一些基本吩咐操作。就像1.inUX一样，要想更好的操作Pymo1.驾驭一些常用的吩咐是必不行少的CPymol是区分大小写的，不过目前为止Pymol还是只用小写，所以记住，全部的吩咐都是运用小写字母的C当你起先用PymOl来完成一个项目时，你或许想会让PymOl自动保存你全部输入过的吩咐，以便利日后你再次读取并修改。这个可以通过创建个IOg文件来达到，该文件的后缀名应为pml,记住，PymOI像1.inUX一样竞持Tab键吩咐补全：Pymol>log_openIog-假如你想终止汜录，只须要键入：Pymol>Iog-Ck）Se好了，现在载入Pdb文件（接着前用的Pdb文件）：Pymol>load2vlo.pdb现在Pymol就创建了一个叫2vlo的对象，你可以在内部GUI窗口里面望见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（如test）：Pymol>load2vlo.pdb,test下面说说如何来操作你新建的对象。首先：PymO1>showrepresentationPymO1>hiderepresentation其中rcprcsentation可以为：cartoon,ribbon,dots,spheres,surface和mesho运用这2个吩咐可以让Pymol以不同的方式显.示蛋白质结构。例如当我们键入：Pymol>hidelinesPymO1>showribbon我们将得到如下结果:PyMOlViewerMouswMod*3-Butto11Vi«Buttonti.KeuiPotShrtBo*Ctr；/-CtShSele/KiCR/-DolClkMenuMove-BoxPkAtOrifCentKovZSlabClipMoVS；PklMVS乙ctngResickjece11/1)zec或许你已经留意到结构中有2个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已,那么如何让PymOl只显示当中的一个分子呢？首先输入如下吩咐：PymO1>labelall,chains这个吩咐的作用是让Pymol给蛋白质结构中的“链”编号，你会发觉，第一个分子由“链”A-E组成，其次个则由F-J组成。好了，假如我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A-E或者F一J去掉即可:Pymol>hideribbon,chainf+g÷h+i+j上面的东东还可以这样完成：Pymol>selecttest,chainf+g+h+i+jPymO1>hideribbon,test上面的第一句吩咐的作用是选择“链”F-J,并命名为test,然后在其次句吩咐中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作。并且你在右边的限制面板里面也可以看到你选定的目标，并可以对其进行操作。比如你可以：PymO1>hideeverything,testPymol>showcartoon,test这样你会得到:PyMO1.Viewer(test>Mou>Ko3-Buttcn7i«HOVeBoxPkfttOrlgCentMovZ一CHpIPktI.CHpMovZMenuPkAtButtons1.t>>>4¾RotaShrtB×Ztrl/-CtShSI门卜/一DblClkMenu说到这里就提到rPymol的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是:Pymol>selectselection-name,selection-expression其中名字可以由字母Aa-Zz,数字09已经下划线组成，但是要避开运用：!#$%八&*()'v>?/假如你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以：Pymol>deleteselection-namePymO1>deleteobject-name下面讲讲如何给对象以和目标变更颜色。预定义的颜色名字可以在外部GUl窗口的SettingS-COIOrS中找到：Pymol>colorcolor-namePymo1>colorcolor-name,selection-expression比如我们可以：Pymol>colorred,sshPymO1>coloryellow,SSSPymol>colorgreen,ss1+""其中"ss”代表secondarystructure,"h"代表Helix,"s”代表Betasheet,1+"”代表1.oop和所以其他结构。这3句的作用分别是把全部的Helix变成红色；把全部的Betasheet变成黄色；把全部的1.oOP以和其他部分变成绿色，于是我们得到:PyMO1.Vieweru11BTIf1o-0011Fr<tt>-OBFBFButton*1.RotASftBoxCtr1三CtSfSlSn<lClk-%)lClkMenuBUScnVieMMove-B<PkAtOri*C11tSelec(r>fResiduesStt(1/130cR3hRHgNSlAbClipMovSPklH/S2ClipMovZMenuPkAtPymol可以同时打开多个Pdb文件：Pymol>loadobject-name-1.pdbPymol>loadobject-name-2.pdb假如你想短暂关闭/打开某个对象，可以这样：Pymol>disableobject-name-1Pymol>enableobject-name-